Lors de la révolution belge, en septembre 1830, les troupes néerlandaises sont repoussées vers la frontière actuelle entre la Belgique et les Pays-Bas, mais parviennent à tenir les bastions d'Anvers et de Maastricht. Les troupes de Guillaume 1 décident d'entraver les activités commerciales de la Belgique en bloquant avec une escadre l'embouchure de l'Escaut.
Le Congrès décide, afin de remédier au blocus, de créer le 15 janvier 1831 la Marine Royale
. Deux brigantins, portant les noms de Congrès et de Les Quatre Journées ainsi que quatre canonnières sont construites. L'armée française du maréchal Etienne Maurice Gérard, qui s'empare en 1832 de la citadelle d'Anvers (prise par Guillaume 1 lors de la campagne des Dix-Jours), la restitue à la Belgique ( 31 décembre 1832). Les canonnières prises aux Néerlandais sur l'Escaut sont mises au service de la Marine Royale, qui se met alors à s'occuper de missions de garde-pêche, de contrôle des eaux territoriales et de répression des fraudes.
À partir de 1834, la Marine Royale fournit des membres d'équipages à des armateurs afin de restaurer le trafic maritime belge et les relations commerciales avec les colonies. En 1840, le gouvernement fait l'acquisition de la goélette Louise Marie et du brick Duc de Brabant en 1845. La Marine Royale, avec ses nouveaux navires, encouragée par le roi Léopold 1, promeut le commerce maritime et la politique d'expansion coloniale.
Lorsque la ligne Ostende-Douvres est inaugurée, les premières malles sont confiées à la Marine Royale.
En 1862, le gouvernement décide de remplacer la marine militaire par une marine d'État.
Lorsque la Première Guerre mondiale éclate, la Belgique n'a pas de marine. Le gouvernement doit improviser face aux attaques des navires marchands par les bateaux allemands et aux eaux côtières rendues dangereuses par les mines.
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